韦尼克脑病的病因是维生素B1 （硫胺）缺乏。长期饮酒和营养不良是引起维生素B1缺乏、发生韦尼克脑病的最常见原因。非饮酒患者多见于重度妊娠反应、长期感染性发热状态、胃切除术、空肠切除、胃肠造瘘术后、消化道肿瘤、肠梗阻、禁食、长期透析、尿毒症、神经性厌食、肝病、恶性贫血、慢性腹泻、部分重症胰腺炎、甲状腺功能亢进症及缺乏硫铵非肠道营养与长期补液、镁缺乏等。近年来，白血病、淋巴瘤、肾衰血透等恶性消耗性疾病患者的韦尼克脑病的发生率增高。
此病需要高度警惕的人群为中老年男性，长期（10年以上）饮酒者，饮酒年龄越小，脑损害程度越重，发生此病的机会就越多。