做好消毒工作能不能够降低肠胃炎的发病几率，要看发生肠胃炎的病因。肠胃炎可分为感染性因素和非感染性因素，感染因素是常见于细菌、病毒、寄生虫等感染。大都是因为食用不卫生的食物或者饮用生水而引起的感染性肠胃炎。
但也有非感染性因素，例如消化液反流、长期食用粗糙或刺激性食物、高盐饮食、长期服用非甾体消炎药、自身免疫性胃炎、肠道菌群失调、溃疡性结肠炎和克罗恩病等，都不是通过消毒就能降低其发病率的。
这些都是要通过正确的治疗方案，才能达到治疗的目的。