磷酸肌酸激酶主要存在于骨骼肌、平滑肌、心肌以及脑组织中，所以磷酸肌酸激酶升高，多见于这些器官组织的疾病。
因此首先要明确磷酸肌酸激酶升高的原因，针对各自的疾病进行相关的治疗。如果只是磷酸肌酸激酶偏高，又没有其他的一些临床情况，可以暂时不用处理，定期复查。
当然磷酸肌酸激酶明显升高时，这时候就要考虑是病理状态，常见的见于急性心肌梗塞，往往伴有肌酸激酶同工酶CKMB的升高，这时候的治疗主要是积极的给予再灌注治疗，把梗塞的冠状动脉重新开通，恢复冠状动脉的血流，减小心肌的坏死面积，改善预后。
如果是其他疾病如多发性肌炎、横纹肌溶解等等，就要针对各自的疾病情况，进行针对性的治疗。