房间隔缺损如果没有及时的治疗，也可能会引起许多并发症：
第一，各种心律失常，最常见的是房性早搏、室性早搏，也可以出现阵发性的心动过速、心房纤颤等心律失常。
第二，心内膜炎，房间隔缺损的患者，很容易在其他部位的感染时，炎症会对血液循环流动至房间隔缺损的部位，并在此生长、繁殖，导致心内膜的炎症。
第三，肺动脉高压，房间隔缺损可以使血液从左心房流向右心房，从而导致肺动脉血流量增加，肺动脉压力升高，长期持续存在就会导致器质性的肺动脉高压。
第四，心脏功能不全，房间隔缺损发展到晚期，由于心脏的负担长期加重，会引起心脏功能不全。所以，房间隔缺损的患者，一旦发现以后，需要尽早进行治疗，预防并发症的发生。