肛门长息肉排便的时候，如果息肉发生了脱出，受到了粪便的摩擦或者是表面有破损，可能会发生疼痛的。
如果息肉没有脱出，局部也没有溃破，一般是不会导致疼痛的发生。肛门长息肉属于肛管直肠位置的赘生物，一般可能会突向肠腔的方向生长，属于异常增生的组织。所以需要进一步地做病理组织学的诊断，根据病理检查结果确定治疗的方案。
如果排便的时候肛门会有疼痛，还需要排除是不是有陈旧性的肛裂存在，排除是不是由于痔疮有水肿、血栓，也得排除一些感染性的疾病，比如肛门周围脓肿的情况。在诊断明确之后再进行治疗。