婴幼儿消化不良引起腹泻要调整饮食，给予益生菌、止泻的药物治疗。
脾胃功能发育不完善容易引起消化不良。母乳喂养的婴幼儿母亲，首先要调整饮食结构，不要进食难消化、油腻的食物，要以清淡的食物进食为主。在腹泻期间要少量多次喂养，给婴儿胃肠道减压。奶粉喂养的婴儿，腹泻期间适当降低泡奶的浓度。
如果腹泻次数比较多，要给予服用蒙脱石散止泻，结合四磨汤口服液以及布拉氏酵母菌调节肠道菌群，改善腹泻。口服补液盐补充液体，防止出现脱水。