室间隔缺损的诊断，主要是根据患者的劳力性呼吸困难的临床表现，以及心脏体格检查发现胸骨左缘出现收缩期粗糙的杂音。伴有收缩期震颤，出现肺动脉高压时还可以听到，肺动脉瓣第二心音亢进及分裂，可以临床诊断室间隔缺损。
超声心动图可以发现左心房、左右心室的内径增大，室间隔回声连续中断。并且可以明确室间隔各部位的缺损。多普勒超声由缺损右心室面，向缺孔和左心室面追踪，可探测到喘流频谱。
通过超声心动图，可以对室间隔缺损最终确诊。