男性生殖器畸形可以做B超检查、染色体检查以及性激素检查。
男性生殖器畸形的危害较大，例如阴茎扭转、睾丸缺失、尿道疾患、睾丸萎缩、睾丸肿瘤、阴茎弯曲等，都会使患者的心理健康造成一定的影响，并且会扰乱正常的生活。比如导致患者无法正常排尿，并严重影响性功能，严重时还会有生命危险，所以应及时去医治进行就诊。
可以通过手术来进行矫正，手术后大部分患者都可以正常的排尿，并可以过理想的性生活。但也有部分先天性的生殖器畸形，如无睾症等无法进行手术矫正。