卵巢囊肿与生活习惯有关系，但生活习惯不是导致卵巢囊肿的主要原因。
比如生活不规律、经常熬夜、膳食不规律、暴饮暴食、生活压力过大等，可能与卵巢囊肿的发生有关系。这种情况引起的卵巢囊肿一般都是生理性的，常见的如滤泡囊肿、黄体囊肿等，多为单侧，一般都较小，直径不超过5cm。通过改变不良生活习惯，囊肿多可自行消失。
还有一种卵巢囊肿由子宫内膜异位症引起，常伴有不同程度的痛经。因为囊肿内含有咖啡色粘稠液体，故被称为“巧克力囊肿” ，这种囊肿的发生一般与人工流产、刮宫术等有关系。