舌头溃疡止痛的方法主要是以局部治疗用药为主。止痛类局部药物包括利多卡因凝胶、喷剂以及苯佐卡因凝胶等。在疼痛难忍和影响进食时使用，但不要长期使用，以防止有成瘾性，在擦干舌部溃疡面以后涂于溃疡处，就能产生迅速麻醉而有止痛效果。
另外，对疼痛明显的舌部溃疡部位可以做黏膜下封闭注射，用激素类药物加上等量的利多卡因在黏膜溃疡下做局部浸润，也有止痛和促进溃疡愈合的作用。
同时，对于经久不愈的舌头溃疡，要明确其诱发原因，必要时要切除送检，明确是否有癌变的可能性。