结膜炎一般不需要进行手术治疗，但是部分病情严重引起并发症时，可能会需要进行手术，具体还应结合患者病情发展综合分析。
例如，沙眼衣原体感染的沙眼患者病程发展到一定时期，可能会出现结膜瘢痕，部分患者还可并发上睑下垂、眼睑内翻等并发症，需视情况进行手术矫正。
部分病毒性角结膜炎患者发展至中、后期可造成角膜下炎性病灶，炎症由表入里发展，可造成角膜溃疡、角膜穿孔等症状，严重时对视力造成损伤，可视情况进行角膜移植手术。