胃镜检查的危害主要有恶心呕吐、咽喉不适、腹部疼痛、黑便等情况出现。如果经常出现消化道方面的症状，怀疑有胃肠道方面的疾病，可到医院进行胃镜检查，但是胃镜检查对身体也可能有一定的危害。
患者在接受胃镜检查时，医护人员需要使用窥镜，从患者口腔、咽喉进入到胃部，过程中会和食道粘膜、组织、器官发生接触，引起患者出现咽喉不适、恶心、呕吐、咽喉疼痛等情况出现。
另外，检查的过程中个别患者身体敏感程度比较高，容易出现平滑肌剧烈收缩，所以患者会出现疼痛，还会增加破坏性损伤的风险，进行胃镜检查时，患者可能出现反酸、咽喉疼痛、恶心、黑便等不良反应。