虹膜囊肿一般不会自愈。虹膜囊肿是由于各种因素引起的，虹膜位置上，实质性组织隆起的疾病，如果不进行干预，囊肿一般不会自行消除。
只是有部分虹膜囊肿的体积较小，并且没有再次增长的趋势和可能，也无明显的视觉影响和干扰，则可通过定期观察的保守方式对待本病，但是病变仍然存在，不属于囊肿自愈的情况。
部分虹膜囊肿会有逐渐增长的可能，在临床上需要结合患者的具体病情给予激光或者手术切除，以避免继发性青光眼或者其他并发症的出现。