肛门有脓性分泌物有可能是肠道炎症引起，但也不能排除肛门周围软组织疾病所致。
当患有直肠炎时，直肠内产生较多的脓性分泌物，分泌物可溢出肛门口。当患有直肠恶性肿瘤时，当恶性肿瘤因缺血或者感染破溃后，也会产生大量的脓性分泌物，从而容易溢出肛门口，引起肛门有脓性分泌物。
当患有肛周脓肿或者肛瘘等肛门周围软组织化脓性疾病时，也会产生大量的分泌物。肛周脓肿的分泌物容易从内溃口溢出，而肛瘘产生的脓性分泌物则容易从外溃口溢出。