对于输尿管损伤的治疗，主要是进行手术治疗，而手术治疗又有两种方案。一是进行输尿管支架管的置入，二是进行输尿管吻合。
对于输尿管支架的置入主要是适用于输尿管损伤较轻的患者，如进行钬激光碎石导丝穿出输尿管，导致输尿管有小的穿孔或者裂孔，那么可以进行输尿管支架的置入，对于输尿管可以起到支撑引流的作用，那么一般术后恢复也会较快，待一个月之后，输尿管粘膜完全愈合，可以拔除输尿管支架管。
如果是由于暴力损伤或者术中切断输尿管，那么需要进行手术治疗，将输尿管进行断端吻合，从而延续输尿管的连续性，那么就需要进行开放手术，将输尿管进行重新再植。