阴茎长疮是否是梅毒，要依据临床表现和实验室检查进行判断。
如果阴茎上长得疮是一种溃烂性质的、质地较为坚硬的改变，没有疼痛感，做梅毒螺旋体检查为阳性，则可以确诊为梅毒；如果阴茎上长得疮，虽然有溃烂，但是外观用手触摸是软的，而梅毒螺旋体检查为阴性，考虑有可能是软下疳，要做杜克雷嗜血杆菌检查，如果阳性，则可以确诊。
如果阴茎上长得疮，是由于局部小水泡破裂之后形成，伴随着明显的灼热和疼痛，则建议做单纯疱疹病毒抗体检查，如果阳性，则为生殖器疱疹，与梅毒也无关。