新生儿脓疱疮的治疗，它包括有局部清洁皮肤、抗生素的应用以及全身的治疗。
脓疱疮的治疗应该也是比较棘手的，新生儿的脓疱疮主要发生在出生以后4～10天的新生儿。新生儿大多都免疫功能低下，如果这个时候皮肤有一些破损的地方，接触了细菌，就会引发新生儿的脓疱疮。脓疱疮大多数都是以葡萄球菌感染为主，主要是金葡菌，也有一部分为B组链球菌感染。它所出现的就是初期为皮肤的红疹，迅速转为疱疹，内容物由清变浑浊，疱疹破溃流出黄色的液体，流到哪长到哪，容易蔓延。局部的皮肤感染可以应用一些抗生素的药膏涂抹，主要在清洁皮肤以后涂抹。
如果说新生儿伴随有全身感染的情况，有发热而且有脓泡疮应该及时的住院治疗。