胆管结石的并发症有以下两种：
一、急性期并发症，肝内胆管结石病的急性期并发症主要是胆道感染，包括重症肝胆管炎、胆源性肝脓肿及伴随的感染性并发症。感染的诱因与结石的梗阻和胆道的炎性狭窄有关。急性期并发症不仅死亡率高，而且严重影响手术效果。
二、慢性期并发症，肝内胆管结石病的慢性期并发症包括全身营养不良、贫血、低蛋白血症、慢性胆管炎和胆源性肝脓肿、多发性肝胆管狭窄、肝叶纤维化萎缩、胆汁性肝硬化、门脉高压症、肝功能失代偿以及与长期胆道感染和胆汁滞留有关的迟发性肝胆管癌。肝内胆管结石病的慢性期并发症既增加了手术的困难，也影响手术效果。