对于宫外孕的女性，确实可能跟巧克力囊肿有关系。
比如女性有巧克力囊肿，就可能会出现局部的周期性萎缩坏死，从而引起卵巢局部的炎症，可能会波及到输卵管，从而导致输卵管炎出现。甚至可能会引起输卵管的粘连，并导致输卵管不通畅。所以这类女性在怀孕怀孕以后可能会引起宫外孕。
但并不是所有的宫外孕都跟巧克力囊肿有关系，有些宫外孕的患者就可能是单纯的慢性输卵管炎症引起，所以在发现宫外孕以后，如果同时有卵巢巧克力囊肿，很可能需要手术过程中将巧克力囊肿一并切除，达到完全治愈的目的，避免以后再发生宫外孕。