胰腺囊肿以假性胰腺囊肿多见，其中多数发生于急性出血坏死型胰腺炎，非手术治疗恢复期，而发生于慢性胰腺炎的患者较少，少数发生于胰腺外伤以后。急性胰腺炎或胰腺外伤后，胰腺组织破坏、损伤或胰管破裂、胰腋外溢，胰液、血液、渗出液及坏死组织积聚于胰腺周围，刺激胰周组织纤维素性渗出，纤维组织增生包裹，从而形成假性囊肿。
胰腺假性囊肿急性者约有25%的患者能自行消退，少数会发生囊肿破裂或胰液外溢，引起胰性腹水或胸水。胰管外压迫、胰管结石、炎性狭窄等导致胰管梗阻高压，可使远段胰管或腺泡发生囊性扩张，胰液潴留而形成潴留性囊肿。潴留性囊肿占胰腺囊肿的10-20%，临床上也较常见，先天性胰腺囊肿是胰腺外分泌腺的先天性畸形病变，较为罕见，且多位于胰体和胰尾，可分为单个真性囊肿、胰腺多囊性疾病、肠源性囊肿和皮样囊肿。