巧克力囊肿有可能会影响排卵。因为巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢上而形成的囊肿，囊腔内周而复始的出血，导致大量的囊液积聚，往往会导致卵巢的囊壁增厚。
一些炎症因子刺激卵巢表面，也会导致卵巢功能异常，导致排卵障碍，从而导致黄体形成不良、孕激素下降，导致不孕不育。所以，巧克力囊肿对生育是有很大的影响的，对女性的生殖健康极其不利。
除了会影响排卵，还会影响输卵管的功能，影响子宫内膜的宫腔环境，还会导致月经期延长、月经淋漓不尽或者经前期点滴出血的一些月经紊乱的症状。还会引起痛经、性交不适，有些巧克力囊肿还会发生破裂，出现急腹痛。