先天性肠闭锁的诊断一经确立，需迅速进行术前准备，进行手术治疗。手术方式需根据闭锁的位置、程度决定。常见的单发型空、回肠闭锁，可施行闭锁的肠段切除，然后再行其他肠道的端端或端斜吻合。
患儿伴有低体重、多发性畸形或全身情况欠佳者，宜采用简捷的手术方式，将扩张的近端肠管与远端肠管行T字形侧端吻合，近端肠管造瘘。术后给予肠外营养，2-3个月后全身情况改善后，再行二次手术关闭造瘘。
对于多发性的闭锁，手术原则是妥善处理近端扩张肠管，最大限度保留肠管。