先天性卵巢发育不全的治疗包括：
第一、促进身高增长，单用雄激素促进身高，剂量小时效果不明显，剂量大时有效但副作用大，主要为男性化和糖耐量受损等，单用雌激素容易引起生长板的早期愈合，从而限制骨的生长，抑制生长潜能，雌激素在12岁之前不用，最好在15岁后用，用雄激素促进身高应在8岁后再用，一般在11岁左右用。
第二、促进乳房及生殖器发育，用雌激素刺激乳房和生殖器发育效果良好，需长期使用。过早应用雌激素促进骨骺早期愈合。一般先促进身高，骨骺愈合后再用雌激素促进乳房和生殖器发育，可用结合雌激素。