肛门失禁主要引起的并发症，是由于肛门不能够主动控制排便、排气，可以使粪便，或者是肠道内的气体、液体，在不自知的情况下溢出，污染肛门以及内裤的情况。反复溢出可能会导致肛门周围的皮肤出现溃疡、疼痛、瘙痒、糜烂的情况。严重的还会造成局部的感染。
另外，肛门失禁反复发生，还可能会导致一些逆行性的尿路的感染。特别是一些女性的患者，可能会受到粪便污染以后，除了有尿路感染以外，还可能会导致妇科炎症，甚至是发生阴道炎的情况。
肛门失禁主要还是以肛门周围皮肤等位置的并发症为主。