生理期之所以会出现肚子疼痛，因为存在病理因素，比如有盆腔炎的情况下会导致盆腔内出现充血、水肿，并且有炎症的渗出。而在生理期的时候，通常盆腔会出现充血、水肿加重的状态，所以才会导致疼痛现象的发生。
另外，在生理期的时候，还可能因为有子宫内膜异位症导致异位症的病灶也会出现出血，所以也会引起肚子痛。这种疼痛常常是进行性加重并且会伴有不孕不育现象的发生。
另外，在临床上生理期出现肚子痛，可能是因为子宫发育畸形，在来月经的时候导致子宫出现不协调的收缩，所以会引起下腹部出现疼痛。