肛门直肠周围脓肿根据发病深度的不同，可以引起肛门红肿、疼痛、肛门坠胀不适以及发热等症状。
当肛腺因为水肿阻塞感染后，脓液会渗透到肛门周围间隙而引起肛周脓肿，肛周脓肿因为发病深度的不同，临床症状也有明显的差异。
浅部的肛周脓肿可以引起肛门肿块、压痛等症状，而位置较深的肛周脓肿，肛门周围组织可无明显的异常，可以引起肛门胀痛、直肠坠胀不适及发热等症状。若不及时治疗，浅部的肛周脓肿可以自行破溃，而深部的肛周脓肿不易破溃，可以引起毒血症或者菌血症等全身感染。