引起子宫内膜异位症的原因包括：
第一，种植学之说：在月经期，经血从宫口流向阴道排出体外是顺流而下，但是有小部分人经血或因其他原因夹杂脱落的子宫内膜碎片，由输卵管管道流入腹腔，种植在盆腔脏器的表层，形成子宫内膜异位病灶。多发生在月经期性生活，或者人为的性高潮引起。
第二，免疫学之说：与免疫系统缺陷相关。
第三，化生内膜之说。
第四，血行转移：一般出现在肺部的子宫内膜异位症，一般是通过血液循环将子宫内膜碎屑转移并且停留在肺脏上而发病。第五，剖宫产手术，流产手术、引产手术等。