小儿地方性克汀病的治疗主要是以药物治疗为主，而且越早发现病情，越早治疗，效果会越好。
药物治疗主要是采取补碘的措施，这样就可以提供碘元素，促进甲状腺合成甲状腺素，从而达到改善甲状腺功能减低的症状。如果是甲状腺功能减低，黏液水肿型克汀病，这种情况通过补碘治疗效果不理想，需要进行甲状腺激素治疗。
如果出现甲状腺萎缩，这种情况就需要终身服用甲状腺素片，一般需要在医生的指导下，从小剂量开始治疗，然后再慢慢的增加剂量。如果及时进行治疗，患者的症状可以避免加重的可能，或可能有一定的缓解，可以促进体格进一步的发育，听力障碍以及智力低下都有可能出现改善，但很难完全彻底治愈。