抗甲状腺药物是抑制甲状腺合成甲状腺激素，是甲亢的基础治疗，常见的副作用有：
1.粒细胞缺乏症:当中性粒细胞<1.5×109/L时应当停药，若白细胞减少，但中性粒细胞>1. 5x109/L时，通常不需要停药，要减少药物剂量，加用促进白细胞增生药，如鲨肝醇等。
2.皮疹:轻度皮疹可以给予抗过敏的药，或者换用另外一种抗甲状腺药物，严重时需要停药。
3.中毒性肝病:使用抗甲状腺药物治疗前后需要监测肝功能。
4.血管炎：一般随用药时间延长，发生率增加。