有一部分孩子的鹅口疮会自愈。小儿长鹅口疮主要是因为在小婴儿的时候，他的体内缺乏了抗霉菌的抗体，而且这个时候从母体得到的这些抗霉菌抗体不足以抵挡霉菌的生长。在这个年龄组他也有免疫功能不完善，因此，比较容易感染霉菌，出现鹅口疮的情况。
随着月龄的增长，他自己的抗霉菌抗体也在不断的生成。所以，在较大月龄的时候、1岁多的时候，孩子的鹅口疮就会逐渐的自愈。
但是有一部分鹅口疮是和免疫功能低下、应用免疫制剂以后出现，尤其是在一些较大儿童，这些孩子的鹅口疮不会自愈，要经过治疗。有的时候这些鹅口疮还会引起深部的真菌感染，要引起注意。