肛门发热、疼痛，需要明确诊断以后再吃药。如果是由于细菌感染所引起，可以吃抗生素药物。另外，局部可以涂抹消毒剂，并且配合抗生素软膏进行涂抹。
如果肛门发热、疼痛是属于肛门周围脓肿的情况，或者是直肠黏膜下的脓肿，一般在诊断明确以后，需要通过手术进行治疗，单纯地通过吃药，达不到彻底的治疗效果。肛门周围脓肿或者直肠黏膜下的脓肿，往往会导致肛门周围软组织发生坏死、液化，并且会有脓液的形成，会出现肛门周围的红肿、热痛等炎症性的表现。
另外，严重了甚至是可以引起发热等全身的感染症状，在诊断明确以后，主要的治疗方法是通过手术进行治疗。