核酸检测和荧光抗体检测，这两项技术都能检测到汉坦病毒的存在。
核酸检测用的是聚合酶链反应，它是利用DNA聚合酶，在体外催化特定引物间的特异DNA片段来合成的基因体外扩增技术。聚合酶链反应特异性强，灵敏度高，极少量的DNA就可以作为扩增模板，得到大量的扩增片段，很容易检测出汉坦病毒的存在。荧光抗体技术针对是汉坦病毒的特异性抗原检测，抗原检测也具有很高的特异性和敏感性。
早期感染汉坦病毒到患者，他的血清、周围血中性粒细胞、单核细胞均可以检出汉坦病毒抗原成分，提示汉坦病毒的存在。