肛门检查是不会给患者带来太大痛苦的，只有稍微一点点胀胀的感觉但也不会持续太久。镜检时会在肛门镜外壁涂抹石蜡油起到润滑的作用，方便镜子进入肛门。
但如果肛门有病变，如肛裂、肛周脓肿、外痔及内痔炎症感染时，肛门镜检会因肛门镜摩擦病灶而出现疼痛。尤其是肛裂患者会感到疼痛剧烈，原则上该类患者不予肛门镜检。
肛门括约肌痉挛或情绪焦虑紧张引起括约肌过度收缩者，强行行肛门镜检也会引起疼痛不适；并且因每个人对疼痛的耐受力不一样、痛阈值不同，对于痛觉过敏的患者行肛门镜检也会引起疼痛感。