通过对新型冠状病毒肺炎康复患者半年后的随访观察，发现一部分新型冠状病毒肺炎患者会遗留有后遗症。常见的后遗症，包括肺间质纤维化、嗅觉或味觉减退、睡眠障碍、焦虑症、肾功能损伤、骨质疏松或者是股骨头坏死。
对于新型冠状病毒肺炎重症患者，出现了双肺弥漫性的间质性病变。即使病毒清除，患者会遗留有间质纤维化，会出现咳嗽、气短等症状。一些患者会遗留味觉、嗅觉丧失，但是随着时间的延长嗅觉、味觉可能慢慢恢复。
对于重症、危重症患者，在治疗时如果大量应用糖皮质激素，可以造成骨质疏松或者是股骨头坏死的后遗症。