大部分生殖器畸形手术治疗后效果明显，但是一部分生殖器畸形手术只能改善症状，不能从根本上治愈。
男性生殖器畸形的疾病有很多，大部分手术后效果很明显，比如包茎行包皮环切术后，可以大大降低感染以及龟头癌的发生率。隐睾的患者行睾丸下降固定术可以增加患者的自信心，降低睾丸癌的发生率，有利于患者的生育。
但有一部分生殖器畸形通过手术治疗，不能从根本上治愈疾病，比如无睾症的患者，为了安抚患者自卑的心理，行人工睾丸植入术，术后不能代替睾丸的功能。