胆道华支睾吸虫病目前临床上的治疗方针是积极进行药物驱虫治疗，如果病情恶化，出现急性胆囊炎时需手术切除胆囊。
目前治疗华支睾吸虫病的药物，应用最多的是吡喹酮与阿苯达唑。如果虫体进入胆囊，诱发急性胆囊炎时，除切除病变的胆囊外，更须切开胆总管，取出虫体，并引流胆道。但因虫体过多，不易取尽，手术后的复发率很高。
近年来多采用胆总管十二指肠吻合术，以畅通胆道，预防阻塞复发。治疗期间，注意保持饮食的卫生，行高蛋白、高热量、低脂、易消化饮食等。