临床上亚急性甲状腺炎和桥本氏甲状腺炎的区别有以下几点：
第一，发病病因不同。亚急性甲状腺炎为上呼吸道病毒感染诱发的甲状腺亚急性炎症病变。桥本氏甲状腺炎为体内甲状腺自身抗体明显升高，而引起的甲状腺自身免疫性损伤。
第二，临床症状不同。亚急性甲状腺炎患者多表现为颈部疼痛，伴有耳后、头部放射性疼痛，部分患者可出现发热、一过性甲亢的临床症状。桥本氏甲状腺炎患者往往仅表现为甲状腺弥漫性的肿大，伴有颈部紧缩感，部分患者可出现一过性甲亢的临床症状，长期可引起永久性甲减。
第三，临床处理不同。亚急性甲状腺炎患者如果颈部疼痛明显，伴有发热，需要给予糖皮质激素治疗，可以自愈，一般不遗留后遗症。桥本氏甲状腺炎甲亢期仅给予对症控制心室率治疗，长期出现甲减风险高，必要时需要给予补充左甲状腺素片替代治疗。