巧克力囊肿和激素是有密切的关系的，是激素依赖性的一种囊肿。因为巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢上周期性出血而引起的。
子宫内膜是受卵巢分泌的激素的调控的，激素水平分泌旺盛，子宫内膜生长速度就更快，出血量就会更多，卵巢囊肿就会变得更大。如果绝经后体内的雌激素水平下降，就不会刺激卵巢内的卵泡生长，从而抑制了子宫内膜的生长。所以有些巧克力囊肿在绝经后会逐渐地萎缩甚至消退，包括有些人怀孕之后或者哺乳期，因为没有月经来潮，巧克力囊肿也不会增大。
所以有些巧克力囊肿手术之后，为了预防复发会进行激素的治疗，主要是使用促性腺激素释放激素激动剂。