牙床上长个囊肿大多数都要动手术治疗，但具体因人而异。
临床医学上在治疗牙床囊肿时，主要采取手术方式切除，药物治疗效果并不理想。若是婴儿群体出现这种情况，通常可以不进行治疗。但如果是成人，要积极对症治疗。在出现感染情况时，要遵医嘱酌情使用抗生素进行抗感染治疗。
如果囊肿比较小，且牙齿有病变，可采取根管治疗，通常囊肿能自行消失。若经过完善的根管治疗后囊肿仍没有消退，可采取根尖切除术。若本身囊肿就比较大，也要及时采取手术切除治疗。