耳根后面疼其原因较多，首先有可能是皮下或者皮下组织，出现炎症感染而引起。其次也有可能是各种创伤而导致耳后疼痛，比如有恶性外耳道炎、中耳或外耳道癌等，也有引起耳部以及周围反射性疼痛的可能性。
还有急性乳突炎也会引起耳后乳突部位红肿、出现压痛感、出现耳道流脓等现象。
最后还有牵涉痛，主要因耳部周围的一些疾病，引起反射性而出现耳根后疼痛。这其中有口腔的各种疾病，如常见的三叉神经、耳大神经、迷走神经等多条感觉神经均可引起反射性的耳朵疼痛。