蹼状阴茎手术风险不是很大，但是仍然存在着一定的风险。
因为无论是生殖系统手术，还是其他组织器官手术，都会有不同程度的手术风险存在。例如蹼状阴茎手术后，如果阴茎发育不良或者是手术后存在着阴茎严重感染，就会导致阴茎海绵体萎缩，容易导致阴茎不能正常勃起。
另外，手术后如果损伤到了睾丸组织，还容易影响睾丸生精功能，使人出现畸形精或者弱精，影响人正常生育。但是选择正规性医疗机构，或者手术后积极预防伤口感染，还是可以降低手术风险的发生几率。