藿香正气水可用于治疗内伤湿滞，或夏伤暑湿以及外感风寒引起相关的症状，如腹胀、反胃、头疼、昏沉、呕吐、腹泻等，可使用这个药物进行治疗。如果有风热感冒引起上述症状时，不能使用本药物。
藿香正气水中含有酒精成分，如果患者对酒精过敏，也是不能使用这个药物。如正在使用头孢菌素类、甲硝唑、酮康唑、呋喃唑酮等药物期间，不能使用本品。
另外，服用药物期间需注意，应忌烟酒和辛辣、油腻、生冷类食物，饮食以清淡为宜。还应注意不要和一些有滋补性的中药同时服用，以免影响药效。本药物中含有生半夏，有一定的药物毒性，因此还要注意，不宜长期或过量服用。