小孩尤其是婴幼儿，因长时间的腹泻，也可能会患有肛周脓肿。腹泻时水样大便类的大量细菌从肛门腺导管口部进入，可引起肛隐窝炎，使肛腺管水肿堵塞，引起肛腺发炎，从而形成肛周脓肿。
婴幼儿的肛周脓肿应与尿布疹、红屁股等相鉴别。后两者是一种皮肤疾病，与肛内不相通，如果做好清洁与防护工作可自愈。而肛周脓肿的内口位于肛内，感染会反复发作，应及时给予抗感染治疗，同时还应积极治疗腹泻。
因婴幼儿的生长发育比较迅速，只要原发病治愈后，肛周脓肿抗感染治疗也可以治愈，尽量不做手术。