贲门癌术后的并发症包括胸部并发症、腹部并发症，以及手术后吻合口处的并发症。
胸部并发症主要出现坠积性肺炎，或者术后肺部感染、肺不张等。腹部并发症主要包括，术后完全性或不完全性肠梗阻。术后局部吻合口的并发症，主要是出现吻合口愈合不良导致局部出血、穿孔，或者吻合口狭窄、吻合口瘘等并发症。
临床上出现贲门癌术后并发症多数需要禁食，给予强效抗生素或止血药物，进行缓解疼痛治疗多数并发症会好转，症状会得到明显改善。只有少部分患者需要重新进行手术治疗，才能缓解症状。