指甲发黄可能为生理性的原因所引起，比如经常剥橘子、受到烟熏，或者是近期内大量食用南瓜、胡萝卜、橙子等食物，都可导致指甲发黄。针对生理因素造成的指甲发黄，无需特殊处理，当去除这些诱因后，指甲发黄会逐渐地自然消失。
也可能是病理因素所引起，常见的是真菌感染引起的灰指甲，也可以表现为指甲发黄，但同时伴有指甲增厚、指甲表面凹凸不平以及指甲的脆性程度增加，甚至严重的可能会导致指甲脱落。灰指甲具有较强的传染性，容易出现传染给其他人。
因此，针对灰指甲应积极抗真菌治疗，需要口服和外用抗真菌的药物联合治疗，能够促进灰指甲的恢复。