小孩胃蛋白酶异常，代表孩子胃肠功能紊乱，应该针对具体病因对症治疗。
如果孩子是胃肠道正常菌群失调，引起胃蛋白酶异常，可以服用调节菌群的药物控制异常症状。如果患者是胃肠蠕动功能下降，引起胃蛋白酶异常，通过增进胃动力的药物医治，效果不错。如果患者是胃肠炎引起肠胃功能紊乱，可以服用抗生素治疗。
如果小孩患者同时有腹胀、腹痛、大便干结等症状，可以服用促进排便、促进消化的药物缓解症状。日常饮食注意多吃一些富含维生素，或者富含膳食纤维的食物，能促进肠胃功能恢复正常。