阴茎结核可以发生在阴茎表皮，也可以在阴茎海绵体内或者在尿道内，其发病机理如下：
1、接触感染：主要是阴茎直接接触结核杆菌或泌尿生殖系统结核蔓延所引起，如通过性接触女性阴道，宫颈的结核病变，或接触污染的衣物等，均可以引起阴茎结核。
2、直接蔓延：主要有自身泌尿系统结核的扩展，其干酪样病变穿破尿道，使阴茎受累继发阴茎结核。
3、血型传播：有人认为，原发病灶的结核杆菌进入血行，随血流播散到阴茎部，继发结核，主要在阴茎海绵体内。
病变多位于阴茎头，阴茎系带或尿道口处，开始为无痛性小的硬性结节，继而结节中央溃烂，经久不愈的溃疡，可形成瘘管，如伴有结核性尿道炎时，会发生尿道狭窄。