小便痛的病因有很多，常考虑可能存在有泌尿生殖系统的疾病，比如说如果存在有急性膀胱炎症，容易造成尿痛，患者往往伴有尿频、尿急的临床症状。急性膀胱炎是有细菌感染引起的，其中最常见的致病菌是大肠癌吸食菌，另外还可见于尿道炎症尿道炎症，属于性传播疾病常见的致病菌，由淋球菌支原体院体等，由于尿道粘膜有炎症，存在排尿时，尿液对于尿道的冲刷，也会造成小便疼痛的症状。
另外对于男性慢性的前列腺炎，也是比较常见的一种疾病，慢性前列腺炎也可以引起小便疼痛，造成慢性前列腺炎的一些病因，主要是由于尿液逆流进入前列腺刺激引起的，如果合并有细菌感染，还会引起细菌性前列腺炎。