藿香正气水不能够治疗灰指甲。
藿香正气水本身属于一种中成药物，从中药的原理角度考虑并不具备杀灭真菌的效果。而且藿香正气水中含有酒精，摄入体内之后，有可能会引发血液循环速度加快，可能会是灰指甲症状加重。
而灰指甲本身指的是真菌感染指甲以后，引发的一种传染性疾病，需要选择正规的方法进行治疗。可以口服特比萘芬片或者伊曲康唑胶囊，但是治疗的周期较长，需要6~9个月的治疗才能够将这种疾病逐渐治愈，所以要有足够的耐心。