心房颤动的发生大多是在器质性心脏病的基础上，如冠心病、高血压心脏病、心肌炎、心肌病、心脏瓣膜病、慢性肺源性心脏病等，也可以见于其它系统的疾病如甲状腺功能亢进等。
当然心房纤颤也可以见于没有器质性心脏病的病人，因此对于心房纤颤，要根据具体的情况给予相应的治疗，如果患者是在器质性心脏病或者其它疾病的基础上发生，首先需要积极的治疗其基础疾病，在积极治疗基础疾病的基础上，对于房颤本身，根据具体的情况考虑给予复律或者控制心室率治疗。
如果选择控制心室率治疗，要根据患者发生外周动脉栓塞的危险程度，选择是否给予长期的抗凝治疗，以预防外周动脉栓塞，尤其是脑动脉栓塞的发生。